Les habitats dits de pleine mer s’étendent au-delà des récifs jusqu’à une profondeur de 200 mètres. Ils varient selon les facteurs océanographiques, tels que les courants, la température de l’eau et la transmission lumineuse. Ils abritent des créatures de grande taille qui se déplacent sur de plus grandes distances et à plus grandes vitesse que celles qui habitent les lagons. Certains de ces animaux sont les grands poissons pélagiques comme les marlins, requins, dauphins et baleines. La haute mer joue un rôle important dans le renouvellement de l’eau du lagon en amenant une eau propre, fraîche et riche en oxygène et nutriments à marée haute. Le courant de l’océan transporte les nutriments, les plantons, les coraux et les larves de poissons faisant le lien entre les différents écosystèmes marins.
La haute mer abrite seulement 10 % de toutes les espèces marines, mais on y trouve les animaux marins parmi les plus grands et les plus rapides, ceux qui peuvent plonger le plus profondément et migrer le plus loin. La pleine mer est relativement improductive, les débris organiques produits dans la zone pélagique située entre la surface et 200 mètres de profondeur tendent à couler au fond de l’océan, limitant la quantité de nutriments disponibles pour la photosynthèse. Néanmoins, compte tenu de son étendue, l’ensemble de la production primaire est plus élevé que tout autre habitat marin. De plus, certaines régions des océans ont des remontées, où les courants d’eau profonde remontent à la surface en portant des nutriments des profondeurs, faisant d’elles des régions parmi les plus productives au monde. La pleine mer abrite la majorité des mammifères marins, ainsi que de grands poissons pélagiques tels les poissons à rostre, les thons, les méduses, les requins et bien d’autres groupes.
La pleine mer est vitale pour la santé du lagon et du récif corallien, en donnant de l’eau propre, fraîche et riche en oxygène à marée haute. Elle joue un rôle essentiel dans le cycle de l’eau, avec l’évaporation de vastes quantités d’eau qui créent des nuages et de la pluie. L’on pense que grâce à la production primaire, la pleine mer serait responsable de 50 % de la production d’oxygène dans l’atmosphère par la photosynthèse. Grâce à cette production primaire, elle a aussi la capacité d’absorber de vastes quantités de dioxyde de carbone (CO2) par la dissolution de la moitié de dioxyde de carbone produit durant ces deux derniers siècles et à travers sa couche de surface qui absorbe la moitié de la chaleur qui atteint la Terre. La pleine mer a un rôle vital à jouer en régulant le climat et en atténuant les niveaux d’émission de gaz à effet de serre dans l’atmosphère.
La pollution, la surpêche et certaines pratiques destructives de pêche sont les principaux dangers qui affectent la santé des systèmes océaniques. Les accumulations de déchets dans certaines régions du monde sont aussi grandes que des pays et continents. Alors que l’on s’efforce de trouver des innovations technologiques pour nettoyer ces déchets, la première étape dans la prévention de ce problème c’est la gestion des apports de déchets de la terre à l’océan.